بعد از آن چنگيز در ابتداى سال 617 بسمرقند تاخت و پس از آنكه مدافعان آن شهر را در بيرون حصار سمرقند بكمين‌گاه افگنده از بين برد ، سپاهيان خوارزمى كه رياست آنان با طغا خان از تركان قنقلى بود ببهانهء همنژادى با مغولان از جنگ خوددارى كردند و شهر تسليم شد و اندكى بعد قسمت بزرگى از مردم آن شهر آباد را از دم تيغ گذراندند . مدافعان شهر اترار ، با آنكه بخيانت يكى از فرماندهان مدافع ، قواى مغول در آن ريخته بودند ، بفرماندهى اينالجق در كهن دژ شهر نزديك پنج ماه مقاومت كردند و عاقبت نابود شدند و شهر ايشان يكباره ويرانه شد و مردمش قتل عام يا اسير گرديدند . در همين اوان فتوحات مغولان در نواحى ديگر ادامه داشت و سرزمينهاى آباد ماوراء النهر يكى پس از ديگرى بدست مغولان مىافتاد و ويران مىشد . درين گيرودار بسى از شهرهاى مشهور ديگر مانند بناكت و خجند و جند و امثال آنها ويران گرديد و در آنها كشتارهاى فجيع رخ داد و بسيارى از اهالى آنها باسارت رفتند و هزاران تن از آنان بعنوان « حشر » همراه سپاه مغول برده شدند تا هم سياهىلشكر باشند و هم كارهاى مختلف سپاهيان را انجام دهند . بعد از فتح سمرقند حمله بخوارزم از طرفى و هجوم بخراسان از طرفى ديگر آغاز شد و در همان حال هم تعقيب سلطان محمد ، كه در كمال بىقرارى از شهرى بشهرى مىگريخت ، ادامه يافت . سلطان محمد در فرار مداوم خود در اواخر سال 617 بجزيرهء آبسكون رسيد و همانجا در سيه‌روزى درگذشت . چندماه بعد از فوت او در صفر سال 618 شهر گرگانج پايتخت معروف و قديم خوارزم با ساكنان خود ( غير از آنان كه باسارت برده شدند ) نابود گرديد و در همان اوان شهرهاى خراسان از كوچك و بزرگ قتل عام و ويران شد . مغولان بلاد و نواحى بزرگى از قبيل ترمذ و بلخ و باميان و طخارستان و طالقان و مرو و نسا و ابيورد و بيهق و سرخس و طوس و نيشابور و هرات و بسيارى از شهرهاى ديگر را خراب و بعضى را چند بار قتل عام كردند . مثلا باميان و نيشابور را چنان با خاك يكسان نمودند كه ديگر جاناورى در آن نتوانست زيست .